阴茎的形成是因为受到胚胎体内的特定的睾丸素的刺激。如果没有该激素，胚胎的生殖器就会发育成女性阴道。从阴茎一直到睾丸的下方，可以看见合并以后痕迹。有些胚胎因为没有完全合并，所以在阴茎下方会有开口。必须要手术修补，不然尿液可能会从阴茎下方流出。
阴茎（penis）可分为头、体和根三部分。后端为阴茎根，藏于阴囊和会阴部皮肤的深面，固定于耻骨下支和坐骨支，为固定部。中部为阴茎体，呈圆柱形，以韧带悬于耻骨联合的前下方，为可动部。阴茎前端的膨大部分为阴茎头，头的尖端有矢状较狭窄的尿道外口（external orifice of urethra）。头后较细的部分为阴茎颈。
阴茎主要由两个阴茎海绵体和一个尿道海绵体组成，外面包以筋膜和皮肤。阴茎海绵体（cavernous body of penis）为两端细的圆柱体，左、有各一，位于阴茎的背侧。左、右两者紧密结合，向前伸延，尖端变细，嵌入阴茎头后面的凹陷内。阴茎海绵体的后端左、右分离，称为阴茎脚，分别附于两侧的耻骨下支和坐骨支。尿道海绵体（cavernous body ofurethra）位于阴茎海绵体的腹侧，尿道贯穿其全长。中部呈圆柱形，前端膨大为阴茎头，后端膨大称为尿道球（bulb of urethra），位于两阴茎脚之间，固定在尿生殖膈的下面。每个海绵体的外面都包有一层厚而致密的纤维膜，分别称为阴茎海绵体白膜和尿道海绵体白膜。海绵体内部由许多海绵体小梁和腔隙构成，腔隙是与血管相通的窦隙。当腔隙充血时，阴茎即变粗变硬而勃起。三个海绵体外面共同包有浅、深阴茎筋膜和皮肤。
阴茎的皮肤薄而柔软，富有伸展性，皮下无脂肪组织。皮肤在头和颈处与深层贴附紧密，其馀部分则疏松易于游离，阴茎皮肤自颈处向前反折游离，形成包统阴茎头的双层环形皮肤皱襞，称为阴茎包皮（prepuce of penis）。包皮的前端围成包皮口，在阴茎头腹侧中线上，连于尿道外口下端与包皮之间的皮肤皱襞，称为包皮系带（frenulum of prepuce）。作包皮环切时，应注意勿伤及包皮系带，以免影响阴茎的正常勃起。
幼儿的包皮较长，包著整个阴茎头，包皮口也小。随著年龄的增长，包皮逐渐退缩，包皮口也逐渐扩大。若包皮盖住尿道外口，但能够上翻露出尿道外口和阴茎头时，称为包皮过长。当包皮口过小，包皮完全包著阴茎头不能翻开时，称为包茎。在这两种情况下，都易因包皮腔内污物的刺激而发生炎症，也可成为诱发阴茎癌的一个因素。
阴茎是男子的排泄尿液和性交，交媾的器官。阴茎体由阴茎海绵体和尿道绵体组成，具有丰富的血管、神经、淋巴管。阴茎冠状沟处神经分布最丰富，敏感性最高。
人类的阴茎与其他哺乳动物相比缺少勃起用的软骨，而是用充血来使得其勃起。人类的阴茎不能收缩到腹股沟中。那是一种特有的心理问题，叫缩阳症。
长度及粗细
正如人有高有矮，阴茎的尺寸也各不相同。传言，西方白色人种的阴茎尺寸会大于亚洲人种。据统计美国白人在松弛时阴茎长度从7.5厘米到11厘米，勃起时可有10厘米到18厘米。亚洲人种勃起时7厘米至16厘米都是正常。阴茎的长短，和男性的性能力无关，亦不是影响女性获得性快感的要素。一般医学上认为，男性阴茎长度大于5CM即可行使正常性功能。
人的阴茎和身材高矮、胖瘦、五官大小等一样存在着众多的差别，长短不一，粗细不齐。国内史成礼曾测定1412例中国健康男性青年的阴茎大小及126例健康男性的阴茎勃起长度。结果表明，常态时最长为19．5厘米，最短3厘米，平均8．375厘米；周长最大14厘米，最小2．5厘米，平均7．3厘米。勃起时最长23厘米，最短8厘米，平均12厘米；勃起时周长最大14厘米，最小8厘米，平均10．75厘米。刘国振等调查的1000例正常成年男子的阴茎长度为：常态下长度范围为4．9－8．6厘米，平均6．55厘米，最长11．6厘米，最短3．7厘米。吴伟成等对2547例16－25岁男大学生阴茎进行测量，其长度平均值为7．43厘米，周径平均为8．17厘米；阴茎牵长平均13．34厘米，与计算出的勃起长度13．08厘米相似，故考虑牵长可代表勃起后长度。可见不同作者的测量结果也存在一定的差别，其结果还受地区、民族等影响。此外，在常态下同一个人的阴茎长度也不恒定，如紧张、寒冷或严重疲劳时都可使阴茎短缩。每个人的手脚都有大有小。男性阴茎也有不同的大小形状。阴茎的长短并不代表男性的性功能能力。男性阴茎大小不是女性性福的关键。对于女性来说，只有对自己喜欢的男性，她们才会在房事过程中容易激起性欲。自慰是无害的，不会导致男性，女性的生殖器官变形，变色等。这些都是由基因决定的。阴茎通过自慰，或者性刺激就会通过初级勃起中枢形成完整的神经反射弧，血液进入阴茎的血管，使阴茎海绵体压迫静脉血管，血液无法倒流，从而使阴茎勃起。能持续相当长的时间， 完成性交活动。
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